【公元198年】东汉献帝建安三年其时曹操派弥衡出使荆州,因侮慢刘表,刘表耻而不能容,心知江夏太守黄祖性急,故送弥衡与黄祖,黄祖亦能善待弥衡。弥衡为作书记,轻重疏密,各得体宜。黄祖执其手道:「卿真是处士,这正得我本意,如道我腹中之所欲言。」黄祖长子黄射,为章陵太守,尤弥衡相善。后黄祖在蒙冲船上,大会宾客,而弥衡出言不逊,黄祖甚惭,乃呵叱之,弥衡更相诋讥,黄祖大怒,令属下拉出弥衡,欲加以刑罚;弥衡破口大骂起来,黄祖恚怒不能止,遂令杀之。黄祖主簿素恶弥衡,实时加杀。黄射徒跣来救,亦已不及。黄祖亦悔其事,乃厚加棺敛。
【公元199年】东汉献帝建安四年《江表传》曰:时孙策西讨黄祖,黄祖遣子黄射引船军五千人助刘勋。孙策复就攻,大破刘勋。黄射亦遁走。孙策收得刘勋兵二千余人,船千艘,便前进夏口攻黄祖。时刘表遣从子刘虎、南阳人韩晞带长矛军五千,来为黄祖前锋。孙策与之交战,大破表、祖。吴录载策表曰:「臣讨黄祖,以十二月八日到祖所屯沙羡县。刘表遣将助祖,并来趣臣。臣以十一日平旦部所领江夏太守行建威中郎将周瑜、领桂阳太守行征虏中郎将吕范、领零陵太守行荡寇中郎将程普、行奉业校尉孙权、行先登校尉韩当、行武锋校尉黄盖等同时俱进。身跨马栎陈,手击急鼓,以齐战势。吏士奋激,踊跃百倍,心精意果,各竞用命。越渡重堑,迅疾若飞。火放上风,兵激烟下,弓弩并发,流矢雨集,日加辰时,祖乃溃烂。锋刃所截,猋火所焚,前无生寇,惟祖迸走。获其妻息男女七人,斩虎、(狼)韩晞已下二万余级,其赴水溺者一万余口,船六千余艘,财物山积。虽表未禽,祖宿狡猾,为表腹心,出作爪牙,表之鸱张,以祖气息,而祖家属部曲,扫地无余,表孤特之虏,成鬼行尸。诚皆圣朝神武远振,臣讨有罪,得效微勤。」
【公元203年】东汉献帝建安八年孙权西伐黄祖,破祖舟军,但城未克而山寇复动,于是退走。
【公元206年】东汉献帝建安十一年江夏太守黄祖遣将领邓龙领兵数千人入柴桑,被吴将周瑜讨击,邓龙被虏。
【公元207年】东汉献帝建安十二年孙权又西征黄祖,虏其人民而还。
【公元208年】东汉献帝建安十三年巴郡人甘宁有雄猛逸才,然而出身帆贼。他往依刘表,居于南阳,不见进用,后转托黄祖,黄祖又以凡人相待。
《吴书》载:甘宁观刘表事势,终必无成,但恐一朝土崩瓦解,并受其祸,于是欲东行入吴。但因黄祖在夏口,甘宁军不得过,乃留依黄祖,经历三年,黄祖不曾礼待之。孙权讨伐黄祖,黄祖军败奔走,追兵甚急,甘宁以善射将兵在后,射杀吴军校尉凌操。黄祖既得免于难,军罢还营,待甘宁依然如初。苏飞时为黄祖军中都督,数荐甘宁,黄祖皆不肯任用,更令人诱化甘宁手下客。甘宁欲离黄祖而去,恐不能得出,独自忧闷不堪。苏飞知其意,乃置酒以邀甘宁,说道:「我曾荐卿数次,惟主子不能加用。日月逾迈,人生几何,卿宜自远图,或可得遇知己。」甘宁想了良久,方道:「虽有此志,不知何所可为。」苏飞便道:「我将荐卿为邾长,于是去就之事,你该会圆滑以处吧?」甘宁起谢道:「我实在幸甚。」苏飞便以此告黄祖,听由甘宁赴邾县。于是甘宁招怀亡客并义从者,得数百人。
春,孙权复征黄祖,黄祖先遣陈就引舟兵拒吴军,却为都尉吕蒙所破,凌统、董袭等尽锐攻之,遂屠其城。黄祖挺身亡走,骑士冯则追枭其首。