中平六年(公元189年)
加入曹操的讨董军并四出征战。
约初平二年至四年(公元191至193年)
袁绍在冀州时也想枣祗为其效力,但不为所动。曹操使他任东阿令。
兴平元年(公元194年)
吕布曹操东征偷袭兖州,东阿是其中一座仍向曹操效命之城,他率吏民拒城坚守。其后曹军缺粮,全靠枣祗的东阿县供应粮草。
建安元年(公元196年)
破黄巾得到大量人力,耕牛和农具等后,羽林监的他建议置屯田,当时人皆认为农民按向官府所租的牛数目定量缴纳租粮,但他看出丰收时不能多收;灾害时要减免的弊端便向曹操建议应是把土田分给农民后根据收获量对分(租官牛者则是六四分帐)。曹操起初不想改,但棗祗坚持己见力排众议(如军师祭酒侯声),曹操终于同意并命他任屯田都尉主管,当年大丰收得斛百万,棗祗功不可没。