东汉灵帝中平五年(公元188年)朝廷初置西园八校尉,淳于琼出任右校尉,与袁绍、曹操同列。
献帝兴平二年(公元195年)献帝东归抵达河东,沮授建议迎帝都邺,挟天子以讨不从,但淳于琼等以为群雄并峙,各欲为帝,如迎天子,动辄表闻,从之则权轻,违之则抗命,诸多不便,袁绍听之而不行。
建安四年(公元199年)监军沮授谏阻与曹操决战,违背袁绍的意旨,郭图等因是谮授权威太盛,引起袁绍怀疑,遂分其所统为三都督,使淳于琼与郭图、沮授各典一军。
建安五年(公元200年)淳于琼与颜良、郭图攻白马,遭曹操轻兵掩袭,仓猝逆战,主将颜良被斩,军遂溃败。 官渡两军对峙,袁绍使淳于琼率兵万余,押运粮车,宿营北四十里之乌巢,遭曹操精兵偷袭,战败而粮谷被烧,袁军土崩瓦解。淳于琼被俘,并遭割鼻,曹操因是旧僚,本有意赦之,后许攸进言而见杀。