以袁绍为盟主的关东盟军各怀鬼胎，谁也不想与董卓真正决战，不久就散了。初平三年（192），司徒王允设计，利用董卓的义子吕布杀掉了董卓。献帝命王允录尚书事，晋升吕布为奋威将军，封温侯，二人共同主持朝政。
落入李傕郭汜之手
这时百姓中流传谣言，说朝廷准备杀尽凉州人，董卓的部将李傕、郭汜等人都是凉州人，他们派人到长安请求朝廷赦免，王允不同意。李傕、郭汜就朝长安进发，一路上收拾残兵，达10万多人。
李傕、郭汜率兵包围长安，吕布部下发生兵变，偷偷打开城门，李榷等人攻入城内。吕布逃走，王允被杀，献帝落到李傕、郭汜手中。李傕晋升车骑将军，郭汜为后将军，两人共同掌握朝政。转眼过了两年，献帝行了加冠礼，改年号为兴平。次年（195），李傕、郭汜互相猜忌，相互攻击。为了取得主动，郭汜想把献帝挟持到自己手中，不料消息走漏，李傕抢了先，用三辆大车载着献帝及皇后到了李傕大营。随后纵兵入官，大肆抢劫，宫中的金银财宝全都被搬到李傕大营中，之后放起一把火，把宫阙焚烧殆尽。
献帝在李傕营中寝食不安，日夜担忧。为了摆脱两强相争的局面，他派太尉杨彪等几位大臣到郭汜营中讲和。郭汜不同意，反倒将杨彪等几位大臣扣住，逼迫他们一起攻打李傕。李傕召集数千胡人，分给他们财物，让他们向郭汜进攻。郭汜则偷偷地贿赂李傕同伙、中郎将张苞，约为内应，自己率兵攻打李傕军营。箭射到献帝住的营帐中，李傕左耳中了一箭。张苞在营后放火，李傕吓得将献帝转移到北坞，派人监守坞门。由于内外隔绝，饮食难以供应，群臣脸上都现出饥饿之色。献帝向李傕要五斗米、五具牛骨头，以便分给群臣。李傕大怒，说："早晚都供应给你们饭吃，还要米做什么？"只派人送去五具臭牛骨。献帝见了，心中有气，但也只能哭天抹泪。
艰难困苦的流亡之旅
后来经过献帝反复说和，李郭二人讲和，郭汜放了群臣，洛阳已成为一片瓦砾，献帝在镇东将军张济的保护下，启程去弘农。李傕不愿去弘农，出屯池阳，郭汜仍旧领兵跟随献帝。等走到新丰，郭汜又想胁迫献帝还都。后将军杨定、董太后侄子董承率兵阻止，郭汜寡不敌众，逃入南山。不久，献帝一行到了华阴，宁辑将军段煨出营迎接，供给献帝及皇后饮食衣服，请献帝临幸他的军营。
这时李傕、郭汜二人又重新联合，来追赶献帝。杨定恐怕抵挡不住，索性丢弃献帝，逃往蓝田，中途被郭汜拦截，被打败逃往荆州。董承护卫献帝等人，当晚赶到弘农。郭汜、李傕追上献帝，董承寡不敌众，被杀得大败，御物国宝，抛弃殆尽，只有献帝和皇后两人分乘两辆车子，由董承拼死保护，才得逃脱。
一行人逃入曹阳境内，已是夜幕低垂，君臣无处栖身，只好露宿一晚。董承一面使出缓兵之计，假意派人与李傕讲和，一面派人到河东请求援兵。援兵与董承联合，大破李傕的军队，杀死几千人。献帝一行人继续东进，走了几里之后，只见后面尘土飞扬，原来李傕探知河东援兵不过数千，况且为乌合之众，因此又追赶上来。李傕分三面夹击，把董承的队伍冲乱，随同的大臣死伤很多。董承护卫献帝逃走，走不了几里，后面追兵又到了。有人劝献帝骑上马快跑，献帝硬咽着说："不行，百官有什么罪，我不能丢弃他们逃走。"董承等人且战且走，到天黑才到达陕西境内。这时追兵稍微少了一些，将士们结成营寨自守。这次战斗，将土损伤十分之七八，虎贲羽林军剩下不满百人。李傕等人围着营寨大呼小叫，众人大惊失色，商议逃走。
有人主张渡过黄河，好不容易找到一只船，众人拥着献帝，徒步出营。伏皇后头发蓬松，面色惨淡，跟随献帝。伏皇后的哥哥伏完一手扶着皇后，一手还挟着十匹绢。董承瞧见，心里不痛快，让人上去争夺，一人被杀死，血迹溅到伏皇后的衣服上。伏皇后吓得发抖，连忙拉住献帝的衣服，哭泣着求救。献帝出言呵止，这场争端才平息。走到河边，只见天寒地冻，岸高数丈，献帝和伏皇后不能上船。幸好伏完手中还有残绢，就用绢裹住献帝，由两人抬着，放到船上。伏完背着皇后，一跃跳上船。其余的人，有的伏在地上爬下去，有的从岸上跳下去，帽子和发巾都被弄坏了。到河边后，士兵们争先恐后地跳上船，没有上船的纷纷拄住船缆。董承用戈乱砍，在船中被砍掉的手指可以一把一把地捧起来。
一起渡河的只有太尉杨彪以下的几十人，那些宫女以及官民不能渡河的，都被乱兵掠夺，衣服被剥光，头发也被割掉，冻死的人不计其数。
李傕得知后，派人去追击，正好看见献帝在船上，董承害怕他们射箭，就用被子当屏障。李傕把岸上丢弃的东西抢劫一空。献帝一行人渡过黄河后，步行数里，抵达大阳，这时天已大亮了。董承到民间搜寻车马，毫无所得。只找到一辆牛车，载着献帝，其余的人步行相随，赶到安邑。
河内太守张杨、河东太守王邑前来接驾。献帝拜张杨为安国将军，王邑为列侯，军中的一些将领也纷纷求官，以至于刻的印章都供应不上，只好用锥子在石头上画字。献帝住在以荆棘为篱笆的房子中，窗门不能关闭，群臣议事，就借茅舍作为朝堂，士兵们趴在篱笆上观看，相互拥挤取笑。转眼到了第二年年初，改年号为建安（196）。这一年的七月，献帝回到洛阳。宫殿还没有修成，暂时住在中常侍赵忠的府第中，作为行宫。不久迁居杨安殿。献帝安顿下来后，大肆行赏功臣。只是好端端的洛阳城被董卓一把火烧掉，短时间内不能修复，除了杨安殿以外，四处瓦砾成堆，荆榛满目。百官无处安身，只得暂时栖身于破壁断垣中。城中没有粮食吃，献帝派人向州郡征求，十无一应。自尚书郎以下的官员亲自出城去采野谷子充饥，有的甚至朝不保夕，往往饿死。
