黄龙元年(229),孙权称帝,同年迁都建业,拜他为左将军,封为云阳侯。更将其三女孙鲁育公主许配给朱据,因此鲁育公主被称为“朱公主”或“朱主”。朱据为人谦虚谨慎,礼贤下士,不吝财物,乐善好施,因此他所得俸禄、赏赐虽然丰厚,但也常不足己用。嘉禾五年(236),东吴开始铸造大钱,一枚币值相当于五百枚五铢钱。朝廷本来拨给朱据部曲三万缗大钱,但工人王遂趁机弄虚作假盗取了这笔钱。典校郎吕壹怀疑是朱据克扣私吞公帑,于是严刑杖打拷问朱据部下主管财务的官员致死。朱据可怜那个主管枉死而为他厚葬,更被吕壹认为是朱据做贼心虚。孙权得到吕壹报告后,多次责问朱据,但朱据无法证明自己清白,只有自囚等待判罪。数月后,典军吏刘助发现事实真相,报告了孙权,孙权感叹道:“朱据作为皇亲国戚尚且被冤枉,何况下面的官吏百姓呢?”于是下令追究酷吏吕壹过往制造冤案的罪责,重赏了敢于披露真相的刘助,朱据沉冤得雪。
赤乌九年(246年),朱据迁骠骑将军。当时正逢太子孙和与鲁王孙霸的两宫之争,而一贯支持太子的丞相陆逊已经亡故,朱据遂与大将军诸葛恪、太常顾谭、会稽太守滕胤、大都督施绩、尚书丁密等继续拥护太子,而丞相步骘、上大将军吕岱、右大司马全琮、左将军吕据、中书令孙弘等则依附鲁王孙霸,阴谋夺嫡废储。两宫之争使得吴国内耗不止,几乎陷入政治危机。
赤乌十二年(249年),朱据接替已故的步骘领丞相一职。朱据拥护太子意志十分坚定,每当谈及此事,其言语都十分的恳切认真,愿意誓死保卫太子的坚决态度都从脸上表现出来。更多次上书维护太子。
赤乌十三年(250年),孙权终于决定废除孙和太子之位,将孙和幽禁起来,另将孙霸赐死。朱据与尚书仆射屈晃带领众大臣将军以泥涂首,将自己捆绑起来,到宫殿外为孙和求情,孙权十分反感,斥责他们无事找事。其后朱据上表进谏:“臣闻太子国之本根,雅性仁孝,天下归心,今卒责之,将有一朝之虑。昔晋献用骊姬而申生不存,汉武信江充而戾太子冤死。臣窃惧太子不堪其忧,虽立思子之宫,无所复及矣。”孙权大怒,将无难督陈正、五营督陈象满门诛杀,朱据与屈晃被拖进宫中,杖打了一百下。许多官员都因劝谏而获罪,史载“群司坐谏诛放者十数”。朱据后来被贬为新都郡丞,还未上任就遭到中书令孙弘进言诬害,当时孙权病重,孙弘就自行下诏赐死朱据。朱据时年五十七岁。其妻朱公主孙鲁育后改嫁刘纂,被其姐全公主孙鲁班诬陷,为孙峻所杀。