东汉献帝建安六年[201年]，郡中推举司马懿为上计椽。曹操当时正任司空，听到他的名声后，派人召他到府中任职。司马懿见汉朝国运刚刚衰退，还不想当曹操手下，便借口说自己有风痹病，不能起居。曹操不信，派人夜间去刺探消息，司马懿躺在那里，一动不动，像真染上风痹一般。
建安十三年[208年]，曹操当上了丞相，再次征召司马懿，为文学掾。曹操对使者说：“如果他还磨蹭不来，就把它抓起来”。司马懿害怕了，不得不就职。曹操让他与太子往来游处，历任黄门侍郎、议郎、丞相东曹属、丞相主薄等职。
建安二十年[215年]，曹操征讨张鲁，司马懿随军。攻下南郑后他建议曹操：“刘备以诈术和军力迫降刘璋，蜀人民心未完全归附而他东至荊州和孙权争三郡，机不可失啊。今若出兵曜威汉中，益州震动，进兵临近其势必瓦解。因此之势，易为功力。圣人不能违反时机，亦不失去时机。”，但曹操感叹得陇望蜀，人不知足，没有采纳他的建议。
建安二十一年[216年]，司马懿跟随曹操伐孙权。
建安二十二年[217年]，曹操至居巢，攻孙权于濡须口，孙权不敌而退，后孙权派都尉徐请降于曹操。
曹操称魏王，升任司马懿为太子中庶子，佐助曹丕。每当有大事需要计划的时候，司马懿都能很快地拿出出人意料的主意，为曹丕所信任和重用，与陈群、吴质、朱铄并称四友。
其后，司马懿转为丞相军司马。他建议曹操：“昔箕子陈谋，以食为首。今天下不耕种的人多达二十余万，非经国远筹啊。虽战事仍未完结，但可以让军士一边耕和一边守境。”曹操采纳，于是务农积谷，国用丰赡。他又指出荆州刺史胡修粗暴，南乡太守傅方骄奢，都不应驻守边防，曹操未予重视。
（《宣帝纪》把其从征之功顺序列出，孙权请降确为这年的事，故其后再敍述其官职变迁和与曹丕友善，不算是《晋书》记录事件发生的先后次序方面有误。）
建安二十四年[219年]，当关羽围樊城之时，破于禁七军后，胡修和傅方果然乘机降刘备。曹操欲迁汉都许昌至河北，躲避关羽锋芒，但被司马懿和蒋济劝阻说：“于禁等为水所没，非战败之失，对国家说未有太大损失，现在迁都的话，既示敌以弱，又令淮水、沔水的百姓大大不安啊。孙权和刘备外亲而内疏，关羽的得志非孙权所愿。可割江南封孙权，传喻令其袭关羽之后，则樊城之围自解。”曹操用其计，后来孙权果遣吕蒙袭公安和江陵，关羽兵败为孙权所杀。
事后，曹操嫌恶荆州的遗黎及汉川（《通鉴》作汉川，考地理位置，确实应是汉字而不是颍字）的屯田民离敌人太近，想把他们都迁走。司马懿认为不可：“荆楚之民轻脱，容易鼓动而难安静。关羽才刚破，很多恶民藏窜观望时局。今徙良民，既伤他们效从朝廷之意，将令去者不敢复还。”曹操采纳而没有移民，藏窜逃亡者果然都出来恢复旧业。
孙权向曹操上表称臣，怂恿曹操自立为帝。曹操笑说：“此小子不是想把让我放在炉炭上吗！”，司马懿却说这是顺应天命：“汉运垂终，殿下十分天下而有其九，以服事之。孙权的称臣是上天和人民之意向。虞、夏、殷、周历朝皆不谦让，畏惧上天而从其命。”
魏文帝黄初元年[220年]，正月，曹操去世，朝野危惧，司马懿管理丧葬诸事，内外肃然。乃奉曹操的梓宫还邺。曹丕即魏王位，司马懿受封为河津亭侯，转丞相长史。当时孙权率军向西，朝臣认为樊城、襄阳缺乏粮食，不能抵御吴军，请求召镇守襄阳的曹仁回驻宛城。司马懿则认为：“孙权新破关羽，暂时只求自保，不敢进攻，襄阳位水路与陆路的要冲之地，抵御寇贼的要害，不可放弃。”所以不该放弃二城，曹丕未依其言，命曹仁放火烧毁二城。后来孙权果然没有入侵，曹丕悔之不及。
十月，曹丕代汉称帝，任命司马懿为尚书，不久，转为督军、御史中丞，封安国乡候。（曹丕称帝后才转司马懿为督军、御史中丞有误，因《文帝纪》注《献帝传》中，魏群臣劝进魏王时，当时司马懿已是督军、御史中丞）
黄初二年[221年]，免去司马懿督军之职，升任为侍中、尚书右仆射。
黄初五年[224年]，曹丕南征孙权，以司马懿留镇许昌，改封为向乡侯。（《魏略》的诏书却说他为尚书仆射、西乡侯）
黄初六年[225年]，曹丕又大兴舟师攻吴，升司马懿为抚军大将军、假节，领兵五千，追加给事中、录尚书事。仍命司马懿留守许昌，镇抚百姓并负责军资补给，督后台文书。司马懿坚决推辞，曹丕说：“我杂事忙得夜以继日，这不是荣誉，是想让你替我分忧啊！”临行前诏曰：“吾深以后事为念，故以此重任委予卿。曹参虽有战功，而萧何却才是首功。你能否让我无西顾之忧呢！”后来曹丕由广陵回师洛阳，诏曰：“我在东边，你就总管西方事务；我在西边，你就总管东方事务。”让司马懿继续留镇许昌。
（《魏略》所引的诏书说司马懿这时才从尚书仆射升为抚军大将军，陈群也升为镇军大将军从征，《陈群传》记录他是从广陵还兵后才假节、升职，可能是任命在前，回军后任职。由于《魏略》的诏书內容极为详尽，传抄的错误可能性不大，故司马懿任抚军大将军的时间如《通鉴》一样从《魏略》）
黄初七年[226年]，曹丕去世。临终前，曹丕令司马懿与曹真、陈群见于崇华殿之南堂，并受顾命辅政，并对太子曹叡说：“这三位，你不用怀疑。”之后魏明帝曹叡即位，改封司马懿为舞阳侯。
孙权出兵围文聘于江夏，同时命吴将诸葛瑾、张霸一起进攻襄阳。司马懿督军讨伐孙权，击败诸葛瑾，斩杀吴将张霸，斩首千余级，升任骠骑将军。
明帝太和元年[227年]，曹叡命司马懿驻扎宛城，并督荆、豫二州的军事。
当初刘备将孟达降魏时，魏文帝曹丕待其甚厚，司马懿认为他言行倾巧，不可信任，但曹丕不听，任命孟达领新城太守，封侯，假节，委以西南予他。和他友善的夏侯尚和曹丕相继死后，孟达失宠，便与蜀汉和吴暗中通信图谋叛魏。诸葛亮恐他言行反覆无常，想促他速叛，知魏兴太守申仪和他有矛盾，便派郭模到申仪处诈降，有意泄露其事。孟达闻此泄露，准备马上起兵。申仪将此事密告司马懿后，司马懿怕孟达突然发难，便给他去信，信中说：“将军昔弃刘备，托身国家，国家委将军以疆埸之任，任将军以图蜀之事，可谓心贯白日。蜀人愚智，莫不切齿于将军。诸葛亮欲相破，惟苦无路。郭模之言不是小事，诸葛亮岂会轻易泄露，此殆易知耳。”孟达得信大喜，开始对造反的事犹豫不决。诸将认为孟达既与蜀吴沟通，宜观望而后动。司马懿说：“孟达无信义，现在是他犹疑之时，应趁其未决定时火速攻灭之。”便亲率大军日夜兼程前去讨伐孟达，八天后抵达新城城下。司马懿遣将拦阻蜀援军于安桥、吴援军于木兰塞。（王先谦云安桥近蜀、木兰塞近吴，故两字应对调。但蜀可能沒援兵，因《费诗传》所言诸葛亮本无援助孟达的意图）
此前，孟达曾写信给诸葛亮：“宛至洛阳八百里，宛至上庸一千二百里，司马懿听闻我的举事，应当上表给曹叡，返复来回需时至少要一个月，那时我的城守备已固，就算大军到来也可应付。我既凭险拒守司马懿必不会亲征；若是诸将我根本无患。”等到兵临城下，孟达才惊叹我才举事八日而司马懿已在城下，行军真是太快了。上庸城三面环水，孟达在城外树立木栅，加固城防。司马懿挥师渡水，毁其木栅，直逼城下。
明帝太和二年[228年]，正月，司马懿兵分八路攻城，攻十六天，孟达的外甥邓贤、部将李辅开城投降。魏军入城擒斩孟达，传首京师，俘获万余人。司马懿回军仍驻宛城，奖劝农桑，禁止奢侈消费，南方吏民都心悦诚服。当初申仪久在魏兴郡，专威弄权，擅自借皇帝名义刻制印信，私相授予。孟达被杀之后，申仪自生疑虑。当时各郡郡守见司马懿刚克敌制胜，纷纷奉礼祝贺。司马懿听之任之，并让人向申仪暗示。申仪只好前来祝贺。司马懿乘机将他收捕，送往京师。接着司马懿又将孟达余众七千余家迁往幽州。不久蜀将姚静、郑他等率其部属七千余人来降。
其后因边郡新附，多无户名，魏国朝廷想查清隐实。正好司马懿入朝，曹叡便询问，司马懿回答：“蜀吴以密网约束其下，故臣民弃之。宜弘以大纲，他们则自然安乐。”曹叡又问宜先讨蜀还是吴？司马懿回答：“吴以魏不习水战，故敢散居东关。但凡攻敌必扼其喉而銺其心。夏口、东关，就是吴的心喉。若用陆军攻向皖城引孙权东下，水军攻向夏口，乘其虚而击，犹如神兵从天而堕，破之必矣。”曹叡并然之，复命司马懿屯于宛。
太和四年[230年]，曹叡升司马懿任大将军、加大都督、假黄钺，与大司马曹真（从斜谷）、征西车骑将军张郃（从子午）一起三路伐蜀井进会于汉中。司马懿从西城开拓道路，水陆并进，沿着沔水逆流而上，直达朐腮，攻克新丰县，驻军丹口，后遇大雨三十余天，班师返回。
太和五年[231年]，蜀相诸葛亮第四次北伐，寇天水，围贾嗣（《汉晋春秋》记作贾栩）、魏平于祁山。曹真病，曹叡召司马懿入朝说：“西方事重，非君莫可付者。”，让他接替曹真。司马懿西驻长安，督征西车骑将军张郃、雍州刺史郭淮等防御蜀汉。三月，司马懿令费曜、戴陵留精兵四千守上邽，其余人马西救祁山。张郃想分兵驻雍、郿，但司马懿不同意：“若前军能独自抵挡的话当之者，将军所言是也。若不能抵挡而分军为前后，正如楚之三军为黥布所败之因。”遂进军至隃麋。郭淮和费曜等为诸葛亮所破，上邽之麦被割。
诸将皆惧，司马懿说：“诸葛亮虑多决少，必安营自固才割麦，我只需二日兼行就可赶赴。”于是率军日夜赶路，诸葛亮望尘而遁。（《汉晋春秋》记录为司马懿于上邽之东据险拒守，交战不得，诸葛亮退兵。）
司马懿说：“我倍道疲劳，此为晓兵者之所忌。诸葛亮不敢据渭水，此易与耳。”在汉阳与诸葛亮相遇，司马懿列阵以待，使将牛金轻骑为饵，交战不久诸葛亮退，追击至祁山。诸葛亮屯卤城，据南北两座山，断水为重围。司马懿攻拔其围，诸葛亮宵遁，被追击所破，俘斩万计。（《汉晋春秋》则记录为，张郃说：“对方远道而来攻击我军，请战不得，谓我利在不战，欲以长远计制衡。且祁山知大军以在近，人情自固，可停在祁山并屯于此，分为奇兵，示出其后，令其不宜前进又不敢相逼，坐失民望。今亮县军粮食少，亦会自行退兵。”司马懿不纳，故寻诸葛亮于卤城。到达后登山掘营，不肯与蜀汉交战。贾嗣、魏平数请战，笑其“畏蜀如虎”。五月，司马懿使张郃攻无当监王平于南围，自己则从案中道攻向诸葛亮。王平坚守张郃无法攻克。诸葛亮使魏延、高翔、吴班赴拒，大破之，获甲首三千级，司马懿还保营。）
六月，诸葛亮粮尽退兵，司马懿令张郃追击，张郃劝归军勿追，但司马懿不听，张郃不得已便追击，后果为伏兵射杀。曹叡令使者劳军，增封邑。战后，军师杜袭、督军薛悌估计诸葛亮明年袭陇右，司马懿则正确预测到诸葛亮下次北伐会出陇东，并且要积攒粮食，至少三年后才会行动。于是上表请求迁徙冀州的农夫到上邽种田，兴京兆、天水、南安监冶。
青龙元年[233年]，司马懿率众凿穿成国渠，修筑临晋陂，灌溉田地数千顷，充实了国库。
青龙二年[234年]，诸葛亮相约孙权出兵，自又率十余万人兵出斜谷，到达郿县，进驻渭水之南。曹叡遣征蜀护军秦朗率步骑二万增援。司马懿率军阻击，诸将想在渭北与诸葛亮隔水相持，司马懿认为渭南有百姓和物资，不应放弃，于是遂渡过渭水背水扎营。其后对诸将说：“诸葛亮若是勇者的话，当从武功水，依山而东行。若西进五丈原，则诸军无事了。”诸葛亮果然向原行，将北渡渭水，司马懿遣周当屯阳遂为饵兵。数日后诸葛亮沒有动静。司马懿看出他欲争原而不攻阳遂的意图，遣胡遵、郭淮守阳遂，自率军与诸葛亮会于积石。战后诸葛亮不得进，还于五丈原。再遣奇兵抄诸葛亮之后，斩首五百余，降者六百余人。
魏国朝廷以蜀汉军远道而来利在急战，每次皆命司马懿持重，以候其变。诸葛亮数次挑战，司马懿均坚守不出。此时吴三路大军已为魏退走，对峙百余日后，诸葛亮派人给司马懿送来女人的服饰来羞辱他，司马懿仍不出战，为平息部属不满情绪，故意装怒，上表请战。曹叡下旨不许，派辛毗杖节来做司马懿的军师。诸葛亮又来挑战，司马懿就做出要带兵出击的样子，辛毗杖节立于军门，司马懿便不出兵。这连敌军诸葛亮和姜维也看出司马懿不过做戏。
司马孚曾写信询问军事，司马懿回复：“诸葛亮志大而不见机，多谋而少决，好兵而无权，虽提卒十万，已堕吾画中，破之必矣。”诸葛亮分兵屯田，做长久屯驻之准备。期间司马懿曾询问诸葛亮的使者，得知其每天所食之少和处理政事之多，断定他命不久矣。不久诸葛亮病故于五丈原军中。蜀将秘不发丧，整军后退。当地百姓见蜀军撤走，向司马懿报告，司马懿出兵追击。姜维令杨仪返旗鸣鼓，做出回击的样子，司马懿以为中计，急忙收军退回。第二天，司马懿到诸葛亮营垒巡视，找到了不少军书、粮食，这才断定诸葛亮已死，于是率兵急追。关中地多蒺藜，司马懿派二千士兵脚穿软材料做成的平底木屐，在大军前行走，蒺藜都刺在木屐上，然后大军马步并进。一直追到赤岸，这才得到诸葛亮的确切死讯。当时百姓为之谚说：“死诸葛走生仲达。”司马懿闻后笑说：“吾便料生，不便料死故也。”蜀将杨仪、魏延在撤军时争权，杨仪杀死魏延。司马懿想乘机攻蜀，曹叡没有批准。
青龙三年[235年]，司马懿升任太尉，并多次增加封邑。司马懿遣牛金击走入寇的蜀将马岱，斩千余级。武都氐王苻双、强端率领其部属六千余人来降。
关东缺粮，司马懿就从长安运粟五百万斛支援京师。
景初二年[238年]，辽东太守公孙渊反，征司马懿入朝。曹叡问他预料公孙渊有何对策，司马懿回答曰：“他弃城而走为上计。他据辽水以拒大军为中计。他坐守襄平则必为我所擒。”曹叡再问司马懿有何计谋，他回答：“惟明智者才能深知自己与对方之能，他必不会先弃城而走。他估计我军远征不能持久，必先拒于辽水而后守，此中下计也。”曹叡再问此战需时多久，他回答：“往百日，还百日，攻百日，以六十日为休息，一年就足够。”
当时曺叡大修宫室，再加上征战军事，水旱天灾，百姓饥弊。司马懿出征前劝谏：“以前周公旦建洛阳，萧何造未央，今宫室未备，臣的责任。但黄河以北的百姓困穷，外要应付军役，内又有建宫室之力役，势不并兴，应停止内务，以救现时之急。”
司马懿率牛金、胡遵等步骑四万人，从京师出发讨公孙渊。经孤竹，越碣石，进至辽水。公孙渊令大将军卑衍、杨祚等人率步骑数万，依辽水围堑二十余里，坚壁高垒，阻击魏军。司马懿采用声东击西之计，先在南线多张旗帜，佯攻围堑，吸引敌军主力，而以主力隐蔽渡过辽水，逼进敌营。接着，不攻敌营，却挥师直取公孙渊根据地襄平。遂迫使敌军放弃围堑回军救援襄平。司马懿督军回首山，迎战敌援军，三战皆捷，于是乘胜进围襄平。适逢连降大雨，辽水暴涨，平地数尺，魏军恐惧，诸将思欲迁营。司马懿下令有敢言迁营者斩，都督令史张静违令被斩，军心始安。公孙渊军乘雨出城，打柴牧马，安然自若。魏将领请求出击，司马懿不予采纳。接着，司马懿还将计就计，故意示弱。朝廷听说雨大敌强，不少人请求召还司马懿，曹叡却认为司马懿可以临机应变，一定能够获胜。不久，雨停，水逐渐退去。魏军完成对襄平的包围，起土山、挖地道、造楼车、钩梯等攻城器具，昼夜强攻。城内粮尽，死者甚多，其将杨祚等降。时偶有流星自城西南向东北划过，坠落在梁水附近，城中愈发震恐。公孙渊也很惊惧，派他相国王建、御史大夫柳甫请求投降，司马懿斩杀使者，不接受投降。公孙渊欲从城南突围，司马懿纵兵击破其军，公孙渊战死在梁水边上星落之地。入城后，司马懿屠戮十五岁以上男子七千多人，筑造京观，把公孙渊所任公卿以下一律斩首，杀死将军毕盛等二千多人。收编户四万，人三十余万。
当有兵士寒冻乞襦，司马懿不给予，有人便建议可以赐多余的故襦，司马懿回答：“襦者为官物，人臣无私施授。”乃奏军人年六十已上者罢遣千余人，将吏从军死亡者致丧还家。遂班师回朝。曹叡遣使者劳军于蓟，增封食昆阳，并前二县。
景初三年[239年]，曹叡病危，司马懿大遽，乃乘追锋车日夜兼行，自白屋走了四百余里，入嘉福殿曹叡的卧床。司马懿流涕问疾，曹叡执其手，望向曹芳说：“以后事相托。死乃复可忍，吾忍死待君，得相见，无所复恨矣。”
曹芳即位，年仅八岁。司马懿与大将军曹爽一起接受遗诏辅佐少主，司马懿任侍中、持节、都督中外诸军、录尚书事，和曹爽各统精兵三千人，共执朝政。后来，曹爽欲排挤司马懿，想让尚书奏事先通过自己，以便专权，向天子进言，改任司马懿为大司马。朝臣们认为以前大司马，有好多都死在任上，不吉利，于是任命司马懿为太傅，像汉代萧何那样，入殿不趋，赞拜不名，剑履上殿。
齐王正始元年[240年]，东倭重译纳贡，焉耆、危须诸国，弱水以南，鲜卑名王，皆遣使来献。曹芳认为是得功于司马懿归美宰辅，又增封邑。
曹叡在位时爱修宫室，制度靡丽，百姓叫苦。司马懿自辽东还后，役者犹万余人，雕玩之物动以千计。司马懿便上奏请罢之，节用务农，天下欣赖焉。
正始二年[241年]，孙权分兵四路攻魏，司马懿请求出兵征讨。到达樊城后，司马懿先派轻骑挑战，吴军不敢应战，于是司马懿便休养土卒，检选精锐，招募勇士，发布号令，摆出攻城的架势。吴军惊惧，连夜撤退，在三州口，为魏军追到，吴军损失万余人，船舰物资损失很多。而进攻其余地方的吴军也无功而还。战后，增封郾、临颍为司马懿的食邑，前后一共四县，达到一万户，子弟十一人都封为列侯。司马懿的勋德日盛，态度却愈谦恭。以太常常林乡邑旧齿，每次遇皆拜。常戒其子弟说：“盛满者为道家之所忌，四时犹有推移，吾何德以堪之。损之又损之，庶可以免乎！”
正始三年[242年]，朝廷追封司马懿之父司马防为舞阳成侯。奏请开广漕渠，引黄河之水入汴水，以溉东南诸田，为魏大规模于淮北屯田的开始。
正始四年[243年]，司马懿率军征讨吴将诸葛恪，军队到达舒城，诸葛恪果然如早先司马懿所预料的那样，焚烧积聚，弃城而走。
司马懿以灭贼之要在于积谷，乃纳邓艾之计大兴屯守，开淮阳、百尺二渠，又修诸田于颍水南北，万余顷。自此淮北仓庾相望，寿阳至于京师皆有农官屯兵统属。
正始五年[244年]，大将军曹爽欲立威名于天下，不听司马懿劝止，出兵伐蜀。结果被蜀将王平阻挡于兴势，后方也军粮供应不上，牛马骡驴大量死亡，蜀援军相继到达。曹爽见不能胜，被迫听从司马懿的劝告，率大军退还，遭蜀军截击，魏军苦战，损失严重。
正始六年[245年]，曹爽废置中垒、中坚营，把两营兵众统交他的弟弟曹羲率领，司马懿引先帝旧例制止，曹爽不听。
正始七年[246年]，吴兵入侵柤中，有万余家百姓为避吴兵，北渡沔水，司马懿认为沔南离敌太近，倘若百姓奔还，还会引来吴兵，应该让他们暂留北方。曹爽不同意，驱赶百姓南还。吴兵果然击破柤中，损失百姓数以万计。
正始八年[247年]，曹爽用心腹何晏、邓扬、丁谧之谋，把太后迁到永宁宫。一时间曹爽兄弟独霸朝政，掌管禁兵，多树党羽，屡改制度。司马懿不能禁止，于是伪装生病，不问政事。时人有歌谣：“何、邓、丁，乱京城。”
正始九年[248年]，曹爽党羽河南尹李胜要到荆州任刺史，临行前去拜望司马懿。司马懿假装病重，耳聋并且胡涂，曹爽等从此不再防备司马懿。
嘉平元年[249年]，魏帝曹芳离开洛阳去祭扫魏明帝的坟墓高平陵，曹爽兄弟均跟从。司马懿乘机上奏永宁太后，请废曹爽兄弟，史称“高平陵事变”。当时，司马师为中护军，率兵屯司马门，控制京都；召司徒高柔假节行大将军事，管领曹爽军营；召太仆王观行中领军事，统摄曹羲军营。司马懿自己率太尉蒋济等勒兵出迎天子，驻扎在洛水浮桥，派人上奏章给皇帝，陈说曹爽罪行。曹爽扣住奏章，不让皇帝知道，把皇帝留在伊水之南，砍伐树木建成鹿角，征发屯兵数千人以自守。桓范劝曹爽挟持皇帝到许昌去，发文书征调天下兵马勤王。曹爽优柔寡断，不能听从他的建议，反而夜遣侍中许允、尚书陈泰去见司马懿，探听动静。司马懿乘机数说曹爽的过失，说他该早自归来服罪，接着又派曹爽的亲信殿中校尉尹大目去对他说，朝廷只是免他的官职罢了，并以洛水为誓。曹爽欲信其言，桓范等人援引古今，百般劝谏，从晚上一直劝到第二天黎明。劝到最后，曹爽还是投刀于地，放弃抵抗，把司马懿的奏章给皇帝看，请皇帝下诏免去自己官职，随皇帝进入京城。
曹爽兄弟一回府，即被司马懿派兵包围。司马懿在曹爽府宅四角修造高楼，让人在楼上密切监视着。不久，司马懿以谋反的罪名，杀曹爽及其党羽何晏、丁谧、邓扬、毕轨、李胜、桓范等，并灭三族。从此曹魏的军政大权落入司马懿的手中。同年，皇帝任命司马懿为丞相，增加封邑，前后共八县，两万户，特许奏事不名，司马懿坚决推辞丞相之职不受。又退让不受九锡之礼。
嘉平二年[250年]，曹芳命司马懿在洛阳立庙。司马懿久病，不任朝请，每遇大事，天子亲自到他府中去征询意见。兖州刺史令狐愚和太尉王凌见皇帝孱弱，强臣专权，谋立楚王曹彪。
嘉平三年[251年]，王凌借口吴人塞涂水，请求出兵征讨。司马懿知其阴谋，不令兴兵，并亲自率中军讨伐王凌，九日便到达甘城。王凌自知势穷，便主动请罪，被押送洛阳。途中，王凌服毒自杀。司马懿进军寿春，参与王凌之谋的人都出来自首。司马懿推知其事，凡牵连在内的一律诛灭三族，还挖开王凌、令狐愚的坟墓，暴尸毁坟。之后，司马懿把楚王曹彪也杀了，并把魏之王公全部拘捕，放置邺城，命有司监察，不准他们互相交结往来。魏帝曹芳下诏封司马懿为相国、安平郡公，孙子以及哥哥的儿子各一人封为列侯，前后食邑共五万户，封侯者达十九人。司马懿坚决推辞相国、郡公之位不受。同年，司马懿病逝，葬于河阴，曹芳素服临吊，丧葬威仪依汉霍光故事，追赠相国、郡公。弟司马孚表陈他的遗志，辞郡公及辒辌车。谥号文贞，后改为文宣。
陈留王咸熙元年[264年]，晋国初建，追封司马懿为晋宣王。
晋武帝泰始元年[265年]，晋武帝代魏，追尊司马懿为宣皇帝，称其陵墓为高原，庙号高祖。
司马懿为人内忌而外宽，猜忌多权变。曹操知道他有野心，听说他有狼顾之相，便他召来，先让他朝前走，然后让他回头看。司马懿居然能脸正面朝后而身子不动。曹操又曾经梦见三马同食一槽，醒后很不高兴，于是便想干掉司马懿，幸亏得曹丕跟司马懿关系好，常常保护他，而司马懿表现得十分谨慎，干活夜以继日，甚至去管理养马这类的琐事。曹操这才稍稍放心，搁置了处置司马懿的念头。司马懿在曹操去世后节节高升，最终掌握了魏国大权。司马懿平公孙渊之时，大肆杀戮；诛曹爽之时，党羽都被夷及三族，男女无论长少，姑、姊、妹等已嫁人的女子都全部杀掉。东晋明帝时，王导侍坐。明帝问前世为何能得到天下，王导于是陈述司马懿是怎样创业的，又提到司马昭时高贵乡公曹髦被弑之事。明帝将脸埋于床上羞愧地说：“如你所言，晋朝如何得以长久啊！”
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